Cuối năm Kỷ Dậu (1369), mẹ ruột của Thiên Ninh công chúa là Hiến Từ thái hoàng thái hậu bị Đại Định Đế Dương Nhật Lễ giết chết. Sách Đại Việt sử ký toàn thư (quyển 7, kỷ nhà Trần) chép:

...Ngày vua (Trần Dụ Tông) sắp băng, vì không có con, xuống chiếu đón Nhật Lễ vào nối đại thống...Ngày 15 (tháng 6 năm Kỷ Dậu), Hiến Từ hoàng thái hậu sai người đón Nhật Lễ lên ngôi...Tháng 12, ngày 14, Nhật Lễ giết Hiến Từ Tuyên Thánh thái hoàng thái hậu (là tước hiệu của Hiến Từ hoàng thái hậu lúc ấy) ở trong cung[3].

Đến tháng 9 (âm lịch) năm sau thì hai người con (không rõ tên) của Thiên Ninh công chúa cũng đều bị hại bởi Nhật Lễ.

Sách Đại Việt sử ký toàn thư (quyển 7, kỷ nhà Trần) chép:

Nhật Lễ tiếm vị, rượu chè dâm dật, hằng ngày chỉ thích rong chơi, thích các trò hát xướng, muốn đổi lại họ Dương (khiến) người tôn thất và các quan đều thất vọng.Mùa thu, tháng 9, ngày 20,...cha con Nguyên Trác và hai người con của Thiên Ninh công chúa đem người tôn thất vào thành định giết chết Nhật Lễ. Nhật Lễ trèo qua tường, nấp dưới gầm cầu mới. Mọi người đều không thấy, giải tán ra về. Khi trời sắp, Nhật Lễ vào cung, chia người đi bắt 18 người chủ mưu. Bọn Nguyên Trác đều bị hại [4].

Oán giận, cuối năm ấy, Thiên Ninh công chúa đến sông Đại Lại (một chi lưu của sông Mã) thuộc phủ Thanh Hóa để họp bàn với một số tôn thất nhà Trần tìm cách lật đổ Nhật Lễ.

Sách Đại Việt sử ký toàn thư (quyển 7, kỷ nhà Trần) chép:

Mùa đông, tháng 10 (Canh Tuất, 1370), vua (chỉ Trần Phủ, về sau là vua Trần Nghệ Tông)[5] vì có con gái làm hoàng hậu (của Nhật Lễ), sợ vạ lây đến mình, tránh ra trấn Đà Giang (tức Gia Hưng), ngầm hẹn với các em là Cung Tuyên Vương Kính, Chương Túc quốc thượng hầu Nguyên Đán, Thiên Ninh công chúa Ngọc Tha hội ở sông Đại Lại phủ Thanh Hóa để dấy quân...Trước đây, vua vốn không có ý định làm vua. Công chúa Thiên Ninh bảo: "Thiên hạ là thiên hạ của tổ tông mình, sao lại vứt bỏ nước cho kẻ khác? Anh phải đi đi, em sẽ đem bọn gia nô dẹp nó cho!"... Tháng 11, vua cùng Cung Tuyên (vương), Thiên Ninh (công chúa) đều dẫn quân về kinh...[6].

Sau đó, Nhật Lễ bị bắt giam ở phường Giang Khẩu[7], rồi bị vua Trần Nghệ Tông sai người đánh chết cùng với người con tên là Liễu...[8].